巨针鼹最初是由理查德·欧文（Richard Owen）于1884年发现的一根断裂的左肱骨描述的，称为M. ramsayi后来也发现了完整的头颅骨和颅后化石。1896年，William Sutherland Dun描述了第二个巨针鼹物种，即M. robusta。
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